Efektivni reprodukcijski broj
Efektivni reprodukcijski broj je prosječan broj ljudi u populaciji koje
zaraženi pojedinac može zaraziti u razdoblju u kojem je zarazan. Mijenja se
kako se populacija sve više imunizira, bilo individualnim imunitetom nakon
infekcije ili cijepljenjem, ali i smrću ljudi. Vrijednosti manje od 1
ukazuju na to da epidemija posustaje, dok vrijednosti veće od 1 ukazuju na
jačanje širenja u populaciji.
Za izračun procjene korišten je R paket EpiEstim koji se temelji na metodama
opisanim u radovima:
Cori, A., Ferguson, N. M., Fraser, C., & Cauchemez, S. (2013). A new
framework and software to estimate time-varying reproduction numbers during
epidemics. American journal of epidemiology, 178(9), 1505-1512.
Thompson, R. N., Stockwin, J. E., van Gaalen, R. D., Polonsky, J. A.,
Kamvar, Z. N., Demarsh, P. A., ... & Cori, A. (2019). Improved inference of
time-varying reproduction numbers during infectious disease outbreaks.
Epidemics, 29, 100356
Serijski interval je vrijeme koje prođe između pojave simptoma kod primarnog
slučaja zaraze i sekundarnog slučaja (osobe koju je osoba primarnog slučaja
zarazila). Za metodu procjene pretpostavka je da serijski interval ima
diskretiziranu gama distribuciju. Default vrijednost parametara (očekivanje
i standardna devijacija) je odabrana prema Nishiura, H., Linton, N. M., &
Akhmetzhanov, A. R. (2020). Serial interval of novel coronavirus (COVID-19)
infections. International journal of infectious diseases, 93, 284-286.
Korišteni vremenski interval (time window) je 7 dana.